Процент распределения рабочего времени между проектами работодатель оценивает самостоятельно и может изменять его в течение проекта. Решение можно оформить приказом, для этого не обязательно изменять условия трудового договора.
Также не нужно требовать возврата 5%, если нарушенные обязанности по оповещению незначительны. Прежде в постановлении не было понятия важности и требовать средства назад можно было и в случае самых пустых нарушений.
Со всеми поправками можно ознакомиться здесь и здесь, пояснительная записка доступна в EIS.